L'arrêt de travail : indemnisation, contrôle et durée

L'arrêt de travail pour maladie est l'une des situations les plus courantes de la vie professionnelle. Chaque année, des millions de salariés se voient prescrire un arrêt par leur médecin, déclenchant une série d'obligations réciproques entre le salarié, l'employeur et la Sécurité sociale. Comprendre le mécanisme de l'indemnisation, connaître les règles de contrôle et anticiper les effets sur la durée du contrat de travail est indispensable pour tout actif. Cet article présente de manière exhaustive le régime juridique applicable en 2026, y compris les évolutions à venir au 1er septembre 2026.

L'arrêt de travail : prescription médicale et obligations immédiates du salarié

Un arrêt de travail résulte d'une prescription établie par un médecin traitant, un spécialiste ou, dans certains cas, un médecin de garde. Le certificat médical mentionne la date de début d'arrêt, la durée prévisionnelle et, si le médecin le juge utile, les conditions de sortie autorisées. Le salarié dispose alors d'un délai de 48 heures pour adresser les volets destinés à l'employeur (volet n° 3) et à la Caisse primaire d'assurance maladie (CPAM) (volets n° 1 et 2). Ce délai est impératif : tout envoi tardif peut entraîner une réduction des indemnités journalières versées par la CPAM pour la période antérieure à la réception des volets. En cas de renouvellement d'arrêt, les mêmes formalités s'imposent dans le même délai. La non-transmission répétée peut même conduire à une retenue sur les indemnités à titre de pénalité. Sur le plan disciplinaire, l'absence injustifiée, c'est-à-dire l'absence sans certificat médical adressé dans les délais, peut constituer une faute, voire, dans des cas extrêmes, un motif de licenciement. Il est également important de noter que le salarié en arrêt maladie ne peut pas, sauf autorisation médicale expresse, exercer une autre activité professionnelle rémunérée : cela exposerait l'intéressé à la suspension du versement des indemnités journalières et à des poursuites pour fraude. Par ailleurs, pendant un arrêt maladie, le salarié reste soumis à l'obligation de loyauté envers son employeur. Contrairement à ce que l'on pourrait penser, cette période n'est pas une période de suspension totale de tout lien : le salarié ne doit pas, par exemple, exercer une activité concurrente ou porter atteinte aux intérêts de l'entreprise. La situation diffère sur plusieurs points d'un accident du travail, lequel ouvre un régime d'indemnisation distinct et plus protecteur. Enfin, si l'arrêt est prescrit au titre d'une affection de longue durée (ALD), des règles spécifiques peuvent s'appliquer, notamment concernant le taux de remboursement et l'exonération du ticket modérateur.

La notification à l'employeur est distincte de la notification à la CPAM : le volet n° 3 transmis à l'employeur ne comporte aucune mention du diagnostic médical. Le médecin est tenu au secret médical et ne doit indiquer que les dates de l'arrêt et, le cas échéant, les autorisations de sortie. L'employeur ne peut en aucun cas exiger de connaître la pathologie du salarié. Cette séparation entre renseignements médicaux et renseignements administratifs est une garantie essentielle du respect de la vie privée du salarié. En pratique, certaines conventions collectives prévoient une obligation de déclaration téléphonique ou électronique préalable à l'employeur dans un délai plus court, souvent 24 heures. Dans ce cas, le salarié doit respecter cette obligation conventionnelle, sans que cela ne lui permette de différer l'envoi des volets médicaux à la CPAM. La date de début de l'arrêt est celle figurant sur le certificat médical, et non la date à laquelle l'employeur reçoit le volet : l'arrêt de travail est donc opposable à l'employeur dès son premier jour, même si la notification intervient dans le délai des 48 heures.

Les arrêts de travail et leur indemnisation : indemnités journalières et maintien de salaire

L'indemnisation pendant les arrêts de travail repose sur deux mécanismes qui se cumulent ou se complètent selon la situation du salarié : les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) versées par la CPAM, et le maintien de salaire à la charge de l'employeur prévu par la loi ou par la convention collective applicable. Les IJSS sont calculées sur la base du salaire journalier de base, lui-même égal à 1/91,25e du salaire brut des trois derniers mois (ou des douze derniers mois pour les salariés à revenus variables). Le montant de l'indemnité journalière est égal à 50 % du salaire journalier de base, dans la limite d'un plafond fixé par la Sécurité sociale et revalorisé chaque année. Un délai de carence de trois jours s'applique : la CPAM ne verse pas d'IJSS pour les trois premiers jours d'arrêt, sauf en cas d'accident du travail, de maladie professionnelle, ou en cas de renouvellement de l'arrêt dans les règles prévues. Ce délai de carence est l'un des points les plus débattus du régime, et certaines conventions collectives prévoient la prise en charge de ce délai par l'employeur.

Le maintien de salaire légal, instauré par la loi de mensualisation du 19 janvier 1978 et codifié à l'article L. 1226-1 du Code du travail, impose à l'employeur de compléter les IJSS pour garantir au salarié un certain niveau de rémunération, sous réserve de remplir plusieurs conditions cumulatives. Le salarié doit justifier d'une ancienneté d'au moins un an dans l'entreprise, avoir transmis le certificat médical dans les 48 heures, être pris en charge par la CPAM et se faire soigner en France ou dans un État de l'Union européenne. La durée et le niveau du maintien varient selon l'ancienneté : de 1 à 5 ans d'ancienneté, l'employeur maintient 90 % de la rémunération brute pendant 30 jours, puis les deux tiers pendant 30 jours supplémentaires. Au-delà de 10 ans d'ancienneté, ces durées atteignent 90 jours à 90 %, puis 90 jours aux deux tiers. Ces seuils sont des minimaux légaux : les conventions collectives de branche ou les accords d'entreprise prévoient souvent des conditions plus favorables, pouvant aller jusqu'au maintien à 100 % du salaire net dès le premier jour d'arrêt. Le tableau ci-dessous récapitule les principales tranches légales de maintien de salaire.

Il convient de préciser que le maintien de salaire légal s'entend comme un maintien du net perçu par le salarié, déduction faite des IJSS. L'employeur soustrait donc les indemnités versées par la CPAM et ne complète que la différence. En pratique, nombre d'entreprises versent le maintien directement et récupèrent ensuite les IJSS par voie de subrogation auprès de la CPAM : le salarié perçoit alors un salaire net habituel et c'est l'employeur qui avance les fonds, puis se fait rembourser. Ce mécanisme de subrogation est particulièrement avantageux pour le salarié car il évite toute rupture de trésorerie pendant l'arrêt. En dehors du dispositif légal, les régimes de prévoyance collectifs (régimes de branche ou régimes d'entreprise souscrits auprès d'organismes assureurs) peuvent également verser des indemnités complémentaires qui s'ajoutent aux IJSS, sous réserve que l'ensemble des indemnités ne dépasse pas le salaire net de référence du salarié.

• Délai de carence légal CPAM : 3 jours (non pris en charge sauf accord ou convention)
• Taux IJSS de base : 50 % du salaire journalier de base
• Plafond IJSS : calculé sur la base du plafond mensuel de la Sécurité sociale
• Subrogation possible : l'employeur avance les IJSS et se fait rembourser par la CPAM
• Prévoyance complémentaire : peut compléter jusqu'à 100 % du salaire net selon le contrat

Le contrôle de l'arrêt de travail : visite médicale, contre-visite et sanctions

Le contrôle de l'arrêt de travail peut intervenir de deux côtés distincts : du côté de la CPAM, via le service du contrôle médical de l'Assurance maladie, et du côté de l'employeur, via la contre-visite patronale. Le contrôle effectué par la CPAM vise à s'assurer que l'incapacité de travail est médicalement justifiée et que le salarié respecte ses obligations (horaires de sortie autorisés, résidence principale ou lieu de repos déclaré). Un médecin-conseil de la CPAM peut convoquer le salarié à un examen ou se déplacer à son domicile. Si le contrôle révèle que l'arrêt n'est pas médicalement justifié, la CPAM peut suspendre le versement des IJSS avec effet immédiat, voire demander le remboursement des indemnités indûment perçues. Cette décision peut être contestée par le salarié devant la commission de recours amiable de la CPAM, puis devant le tribunal judiciaire dans les délais légaux.

La contre-visite patronale est un droit reconnu à l'employeur par l'article L. 1226-1 du Code du travail : ce dernier peut mandater un médecin de son choix pour vérifier au domicile du salarié la réalité de l'incapacité de travail. Le salarié est tenu de se soumettre à cette visite, à condition qu'elle se déroule dans les heures de sortie autorisées par le médecin prescripteur. Si le médecin mandaté par l'employeur conclut que l'arrêt n'est pas justifié, ce résultat ne suffit pas à lui seul à priver le salarié du maintien de salaire dû par l'employeur. En effet, la décision sur l'indemnisation au titre de l'Assurance maladie appartient exclusivement à la CPAM. En revanche, l'employeur peut utiliser les résultats de la contre-visite dans le cadre d'une procédure disciplinaire, notamment si le salarié a exercé une activité pendant son arrêt ou s'il n'a pas respecté les conditions d'absence à son domicile. Le résultat de la contre-visite patronale peut également être transmis au service médical de la CPAM pour qu'il déclenche lui-même un contrôle officiel.

Les conditions de sortie fixées par le médecin prescripteur peuvent être de deux types : soit le salarié n'est pas autorisé à sortir de son domicile (sortie interdite, sauf consultations médicales), soit il est autorisé à sortir dans une plage horaire précise, généralement de 9h à 11h et de 14h à 16h. Le non-respect de ces horaires lors d'une contre-visite ou d'un contrôle de la CPAM peut entraîner la suspension des IJSS. Cette règle s'applique même si l'absence du domicile était justifiée par une raison médicale non mentionnée sur le certificat. Le salarié doit donc veiller à signaler à son médecin toute nécessité de déplacement pouvant intervenir en dehors des plages autorisées. Il est par ailleurs possible, sur autorisation médicale spéciale, de bénéficier d'une sortie libre lorsque l'état de santé du patient le justifie, notamment pour des raisons thérapeutiques ou de maintien du lien social. Enfin, le salarié peut résider ailleurs qu'à son domicile habituel pendant l'arrêt, à condition d'en informer préalablement la CPAM et d'indiquer l'adresse de résidence temporaire.

Durée de cet arrêt de travail, reprise du travail et perspectives de réforme

La durée de cet arrêt de travail est fixée par le médecin en fonction de l'état de santé du patient. Elle peut aller de quelques jours à plusieurs mois, voire s'étendre sur une période pluriannuelle en cas de maladie grave. La loi ne pose pas en principe de durée maximale pour un arrêt maladie ordinaire, mais elle encadre les effets prolongés sur le contrat de travail. En matière de protection contre le licenciement, le salarié en arrêt maladie ne bénéficie pas d'une protection absolue, contrairement à ce qui s'applique en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle. Toutefois, l'employeur ne peut pas licencier un salarié en raison de son état de santé : un licenciement motivé par les absences répétées ou prolongées n'est licite que si ces absences désorganisent l'entreprise et rendent nécessaire le remplacement définitif du salarié. Ces conditions sont appréciées strictement par les juridictions prudhommales. Après 12 mois d'arrêt au cours des 3 dernières années, l'employeur peut saisir le médecin du travail pour une visite de pré-reprise, dans l'objectif d'anticiper un éventuel aménagement de poste ou un reclassement.

La visite de reprise est obligatoire après certains arrêts : arrêt de plus de 30 jours consécutifs pour maladie ou accident non professionnel, arrêt pour maladie professionnelle quelle qu'en soit la durée, arrêt après une maternité. Cette visite doit avoir lieu au plus tard dans les 8 jours suivant la reprise effective du travail et est organisée par l'employeur. C'est le médecin du travail qui prononce l'aptitude ou l'inaptitude du salarié à reprendre son poste. En cas d'inaptitude prononcée, l'employeur est tenu de proposer un reclassement sur un autre poste compatible avec les préconisations du médecin du travail. Ce reclassement doit être proposé après avis des représentants du personnel, et ce n'est qu'en cas d'impossibilité de reclassement, ou de refus du salarié d'une offre sérieuse, que l'employeur peut engager une procédure de licenciement pour inaptitude. Le régime de l'inaptitude au travail est donc étroitement lié à la gestion des arrêts maladie prolongés. La durée de l'arrêt influe par ailleurs sur les droits à congés payés : selon la jurisprudence de la Cour de justice de l'Union européenne, désormais intégrée au Code du travail, les absences pour maladie non professionnelle ouvrent droit à l'acquisition de congés payés, dans la limite d'un plafond annuel.

Un autre tableau permet de visualiser les principales étapes et obligations liées à la durée d'un arrêt maladie.

À partir du 1er septembre 2026, une réforme devrait introduire un mécanisme de plafonnement de la durée de certains arrêts de travail, avec pour objectif de mieux encadrer les arrêts de longue durée et de favoriser le retour à l'emploi. Ce dispositif, dont les modalités d'application feront l'objet de textes réglementaires, prévoit notamment une révision systématique de la situation des salariés en arrêt prolongé, avec intervention renforcée du médecin du travail et de la CPAM. Il s'inscrit dans une démarche plus large de prévention de la désinsertion professionnelle, visant à éviter que les arrêts de longue durée n'aboutissent à une rupture définitive du lien avec l'emploi. Pour les salariés concernés, il sera essentiel de suivre attentivement les nouvelles obligations et de ne pas négliger les démarches de pré-reprise ou de reconversion professionnelle proposées dans ce cadre. Les employeurs, quant à eux, devront adapter leurs pratiques de gestion des absences longues et renforcer la coopération avec les services de santé au travail.